农业农村部农业水资源高效利用重点实验室是农业农村部作物高效用水学科群下的区域性重点实验室，于2011年由农业部批准成立。该重点实验室是依托东北农业大学水利与土木工程学院黑龙江省重点学科—农业水土工程学科的学科优势，以节水农业黑龙江省普通高校重点实验室为基础成立的。该重点实验室以农业水资源高效利用理论研究、农业节水技术研发、推广和应用为主要研究内容，形成了现代节水农业理论与技术、农业水资源优化配置与高效利用、农业水资源高效利用环境效应等三个研究团队，致力于解决制约区域农业可持续发展的水瓶颈问题，为保障区域粮食安全与水安全提供重要的水利科技支撑。
农业部农业水资源高效利用重点实验室现有固定研究人员62名，其中国家杰出青年科学基金获得者1人、国家级重大人才工程入选者4人、国家优秀青年科学基金获得者2人、国家优秀青年科学基金（海外）获得者1人、农业农村部“神农青年英才”2人、“龙江学者”特聘教授1人、“龙江学者”青年学者1人、黑龙江省“头雁”团队骨干成员1人、黑龙江省杰出青年科学基金获得者3人、黑龙江省自然科学基金优秀青年项目获得者10人、黑龙江省青年科技奖获得者5人。
农业部农业水资源高效利用重点实验室用房总面积2000余㎡，拥有气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计、多气体分析仪、光合仪、非饱和导水率测定系统、压力膜仪、土壤水分速测仪、人工气候室、同位素质谱仪、人工降雨模拟试径流验场等仪器设备131台套，设备总值1342万元。实验室承担国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金区域联合基金重点项目、国家优秀青年科学基金、国家优秀青年科学基金（海外）、国家重点研发计划课题、国家自然科学基金面上项目、国家自然科学基金青年项目等各类科研项目100余项，累计获得科研经费5000余万元；发表学术论文500余篇；出版学术专著10余部；获得国家科学技术进步二等奖、黑龙江省科学技术一等奖、黑龙江省科学技术二等奖、全国农业节水科技奖一等奖等各类科研奖励30余项；获得国家发明专利、实用新型专利、计算机软件著作权100余项。在国内农业水资源高效利用理论研究与技术研发领域具有重要影响地位。技术成果累计推广应用500多万亩，为区域粮食节水增产发挥了重要作用。
