农业农村部农业水资源高效利用重点实验室是农业农村部作物高效用水学科群下的区域性重点实验室，于2011年由农业部批准成立。该重点实验室是依托东北农业大学水利与土木工程学院黑龙江省重点学科—农业水土工程学科、黑龙江省重点培育学科—水文学及水资源学科的学科优势，以节水农业黑龙江省普通高校重点实验室为基础成立的。该重点实验室以农业水资源高效利用理论研究、农业节水技术研发、推广和应用为主要研究内容，形成了现代节水农业理论与技术、农业水资源优化配置与高效利用、农业水资源高效利用环境效应等三个研究团队，致力于解决制约区域农业可持续发展的水瓶颈问题，为保障区域粮食安全与水安全提供重要的水利科技支撑。

农业部农业水资源高效利用重点实验室现有固定研究人员34名，其中神农青年英才获得者1人、国家优秀青年基金获得者1人、国家级重大人才工程入选者1人。实验室用房总面积2000余m2，拥有气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计、多气体分析仪、光合仪、非饱和导水率测定系统、压力膜仪、土壤水分速测仪、人工气候室、同位素质谱仪、人工降雨模拟试径流验场等仪器设备131台套，设备总值1342万元。实验室近五年来承担国家重点研发计划项目3项、国家自然科学基金15项、省科技攻关重点项目、省自然科学基金、中国博士后科学基金等科研课题40余项，累计获得科研经费1500多万元；发表学术论文300多篇；出版学术专著10余部；获得各类科研奖励30余项，其中黑龙江省科学技术二等奖3项、三等奖2项；获得国家发明专利2项、实用新型专利2项、计算机软件著作权15项。在国内农业水资源高效利用理论研究与技术研发领域具有重要影响地位。技术成果近五年推广应用500多万亩，为区域粮食节水增产发挥了重要作用。