农业部农业水资源高效利用重点实验室是农业部作物高效用水学科群下的区域性重点实验室，于2011年由农业部批准成立。该重点实验室是依托东北农业大学水利与土木工程学院黑龙江省重点学科——农业水土工程学科、黑龙江省重点培育学科——水文学及水资源学科的学科优势，以节水农业黑龙江省普通高校重点实验室为基础平台成立的。该重点实验室以农业水资源高效利用理论研究、农业节水技术研发、推广和应用为主要研究内容，形成了农业水资源优化利用理论与方法、农田水循环与土壤水高效利用理论与技术、农田水肥调控利用与节水高效作物栽培技术等三个研究团队，致力于解决制约黑龙江省农业可持续发展的水瓶颈问题，为保障区域粮食安全与水安全提供重要的水利科技支撑。
农业部农业水资源高效利用重点实验室现有固定研究人员18名，拥有国家“万人计划”科技创新领军人才、科技部中青年科技创新领军人才、国务院特殊津贴获得者、教育部新世纪优秀人才支持计划入选者、龙江学者特聘教授、省长江学者后备支持计划入选者1人，省节水农业首席专家1人，教育部高等学校水利类专业教学指导委员会专业建设指导组成员3人，省水利厅科学技术委员会专家6人；实验室用房总面积2000余m2，拥有气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计、多气体分析仪、光合仪、非饱和导水率测定系统、压力膜仪、土壤水分速测仪、人工气候室、同位素质谱仪、人工降雨模拟试径流验场等仪器设备90余台套，总价值达800余万元；实验室近五年来承担国家科技支撑计划3项、国家自然科学基金15项、水利部公益性行业科研专项经费项目1项、教育部博士点基金、省科技攻关重点项目、省自然科学基金、中国博士后科学基金等科研课题40余项，累计获得科研经费1000余万元；发表学术论文200余篇，其中，SCI收录20余篇，EI、ISTP收录100余篇；出版学术专著10余部；获得各类科研奖励30余项，其中黑龙江省科学技术二等奖3项、三等奖2项；获得国家发明专利2项、实用新型专利2项、计算机软件著作权11项。在国内农业水资源高效利用理论研究与技术研发领域具有重要影响地位。近五年推广应用农业节水增产技术500多万亩，为黑龙江省粮食节水增产发挥了重要作用。
