1958年成立东北农学院农田水利工程实验室，2016年成立东北农业大学水利与土木工程学院实验教学中心，2025年获批黑龙江省高等学校本科实验教学示范中心。实验中心拥有专职实验教师11 人，其中正高级1人，副高级5人，中级5人。现有水利综合实验室、基础水力学与流体力学实验室、水利工程低温实验室、建筑材料实验室、工程地质实验室等8个专业实验室，总建筑面积 3000 平方米；阿城区实验基地建有智能温室 1 座、试验田 200 余亩。拥有 U 型变坡水槽、五级水利枢纽仿真实验系统等各类仪器设备 800 余台（套），设备总值 2000 余万元。

  主要承担水力学、土力学、建筑材料、工程地质与水文地质、水工建筑物冻害防治技术等课程实验教学任务，以及大学生开放性、创新性实验项目，覆盖农业水利工程、水利水电工程、水文与水资源工程、土木工程、工程管理、风景园林、设施农业科学与工程等 15 个本科专业。